组织分离法一种无性繁殖方法，分离技术较为简单，即采用子实体的菌肉组织进行分离培养，是获得纯菌种最常用的方法。
具体操作：
1.选用PSA或PDA等斜面培养基，而且所用的培养基必须保持斜面上无多余的游离冷凝水，否则容易引起细菌、酵母污染。
2.分离的“种菇”选择：选择符合该品种特征的、生长良好、朵形圆整、无杂菌污染和虫害的子实体。种菇培养的环境应尽量清洁无污染并满足其生长条件。
3.在无菌条件下，用手把菇体掰成两半，再用火焰灭菌过的接种针钩或镊子取干净的小块菌肉，迅速接入灭过菌的斜面培养基上，抽出接种针，塞上棉塞。在接种过程中试管口应在酒精灯火焰的保护下进行。
4.分离时应多取几个子实体进行分离，同时多搞支试管，以便进行选择。因金针菇是盖小而肉薄的食用菌，也可采用特殊的髓部分离法进行组织分离，即左手抓住菌柄，右手持长柄镊子沿着茹柄方向去掉菌盖，这时菌柄的顶端露出弧形的生长点，用接种针钩取生长点的组织块移入斜面培养基中。
5.把分离好的试管放在适温(20－25℃)的条件下培养，大约经过36小时左右，在组织块周围长出白色放射状的菌丝，10天左右即长满试管。在培养过程中必须经常观察，挑选没有污染杂菌的试管使用或接入新的试管培养基上再纯化培养。
