在食用菌制种和栽培上，因各种原因引起的杂菌污染屡见不鲜。各种杂菌（如霉菌和细菌）几乎无一例外地都是竞争性的，它们和食用菌生活在同一培养基上，争夺食用菌的营养和生活空间，影响食用菌的生长；许多杂菌还通过产生一些有毒物质来抑制食用菌菌丝的生长。从某种意义上来说，食用菌制种和栽培的中心工作就是如何来防止和控制各种杂菌的污染，以获得菌丝体或栽培体的纯培养。在生产上搞好杂菌污染的防止和控制，其中重要的一环就是接种工作。笔者根据多年来从事食用菌工作的经验，对接种所引起的污染及防止措施分析如下，供同行参考。 　　
　　1 接种箱滋生霉菌引起的污染
　　也许有人会认为，接种箱是用于接种的设备，要经常消毒，而且每次使用前都要经过消毒处理，怎么也会生长霉菌呢？其实，这是一种误解。首先，接种箱多为木质结构，木材中含有丰富的木质纤维素，它是各种霉菌生活的良好营养成分；其次，接种箱的使用随生产而具有季节性，每年都有较长一段时间闲置未用，在这段时间内，就极有可能出现霉菌污染。那么，在什么情况下接种箱才会出现霉菌污染呢？接种箱被污染多是出现在接种箱闲置未使用的时候，但笔者认为，引起污染的直接原因往往并不在这段时间，而是在生产季节接种箱被使用的时候。在使用接种箱时，生产者操作不规范或使用不当都会使接种箱过于潮湿，比如让培养基或菌料等撒落箱内而没有及时清理，或者由于接种箱内外温差较大，引起箱内而没有及时清理，或者由于接种内外温差较大，引起箱内热空气遇冷凝结成水珠等。接种箱受潮后，如果没有及时通风排湿，这样在接种箱闲置不使用的时候，就很容易滋生霉菌。
　　针对上述引起接种箱污染的原因，要防止污染，在实际工作中，一是要在接种箱使用时，尽量降低接种箱内的湿度。要避免培养基、菌料或酒精棉球等直接落入箱内，如不谨掉入箱则应尽快清理；
    要避免接种箱内外出现温差而引起受潮，具体应做到：
    （1）料袋或料瓶灭菌后应充分冷却再进入接种箱内进行消毒处理，以免引起接种箱内温度过高；
    （2）消毒剂的用量要严格按照规定使用。目前常见的消毒剂如气雾消毒剂、福尔马林等，在使用时都是利用这些物质发生氧化反应来产生烟雾或蒸汽，从而达到对空气消毒的目的。我们知道，氧化反应往往会产生大量的热量，因此，在保证消毒效果的前提下，消毒剂的使用不宜过量；
    （3）提高接种速度，控制好接种时间。接种速度慢、时间长，不仅工作效率低、生产周期长，而且酒精灯长时间燃烧会产生大量的热量，使箱内温度过高。此外，接种时间长，也会延长培养基、菌种等在空气中暴露的时间，这样会增加杂菌污染的机会。二是在接种箱长期闲置不用时，应将接种箱箱盖、袖套口及时打开，以利通风排湿。实际上，在生产上要完全避免接种箱受潮往往是很难做到的，但问题的关键是当生产季节结束以后，就应及时进行通风降湿，并将接种箱放置在通风干燥的地方。
　　如果接种箱已经出现了霉菌污染，那么又如何处理呢？在实际工作中，有些生产者对这个问题往往重视不够，或者根本就没有意识到这个问题，在使用接种箱时仍按照常规的方法进行消毒处理（殊不知在消毒剂的使用浓度和消毒时间不延长的情况下，消毒剂的消毒效果与空气中的杂菌的数量是密切相关的），结果往往就会“不明”原因的大规模污染。接种箱出现霉菌污染以后，实现要用酒精棉球或蘸有福尔马林的棉球擦拭肉眼可见的霉菌，然后，再用福尔马林进行熏蒸或用气雾消毒剂消毒，这样连续处理2次-3次以后才能使用。
　　2 接种操作引起的污染
　　接种在食用菌制种和栽培上是非常重要的环节，对控制好杂菌污染至关重要。接种时要求生产者应严格掌握微生物无菌操作规程，概括起来，主要有以下几点：
　　2.1  各种接种工具和用品等应随同料袋、料瓶、菌种等一并进行消毒处理，应当尽量避免在操作过程中向箱内传递物品。
　　2.2  进箱操作前，在箱外用清水洗净双手，进箱后再用酒精棉球擦拭双手和接种工具，并对接种工具用火焰灼烧灭菌，在接种过程中还要定期用火焰灭菌。
　　2.3  对于试管种的扩大培养，试管应平持，试管口不能朝上，同时试管口也不要离开酒精灯火焰，这样才能达到火焰“封口”的目的。
　　2.4  接种操作要做到“轻、快、准”。“轻”是指接种时动作幅度不要太大，以减少空气波动；“快”是指动作操作要快，避免菌种和培养基在空气中暴露时间过长；“准”指的是接种动作要准确到位，接种工具、菌种块等不要到处乱撞、乱放。
　　2.5  接种操作完毕，及时移走物品，并将箱内收拾干净。
　　3 接种箱空气引起的污染
　　接种箱内空气中杂菌孢子或微生物菌体数量直接影响到接种后培养物的纯菌率。引起箱内空气污染的原因是多方面的，如消毒不彻底、接种箱密封性能差等。其中，消毒不彻底是引起箱内空气污染的最常见原因。消毒不彻底可能是由于消毒剂本身的原因引起的，比如，消毒剂效果差、用药量不够等，也有可能是由于长时间使用同一种消毒剂（长期使用同一种消毒剂引起消毒效果差，其原因如果能排除消毒剂本身的质量问题，从生物学的角度来说，往往是由于消毒剂对杂菌抗药性变异的定向选择作用，从而是杂菌抗药性种群不断增大。鉴于此，生产上应注意不同的消毒剂轮换使用）。此外，接种箱密封性能差也是造成空气消毒不彻底的原因之一。