在液体菌种培养时，无论是何种培养基，除加有抑制剂外，一般三大类菌都有可能生长，所以应了解它们菌落特征的基本区别。本文部份资源来源于中国科学院微生物研究所科普网站。
细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式二分裂这种无性繁殖的方式：一个细菌细胞细胞壁横向分裂，形成两个子代细胞。
细菌菌落较小，细胞球状（直径0.5～1.0μm），杆状（宽0.5～1.5μm，长1.0～4.0μm)。运动型细菌可以依靠鞭毛，细菌滑行或改变浮力来四处移动。另一类细菌，螺旋体，具有一些类似鞭毛的结构，称为轴丝，连接周质的两细胞膜。当他们移动时，身体呈现扭曲的螺旋型。螺旋菌则不具轴丝,但其具有鞭毛。
除镜检外也可采用牛肉膏琼脂培养基等培养鉴定。
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细菌最主要的繁殖方式是二分裂，就是在细菌细胞生长到一定阶段时，一分为二，由一个细胞变成两个子细胞。细菌二分裂时，细胞中的遗传物质，即DNA先进行复制，然后在细胞的中央形成横隔壁，最后子细胞分裂，每个子细胞都具有一个DNA分子。
在少数细菌中，还存在着其它的繁殖方式，如不等二分裂、出芽繁殖、三分裂和多分裂等。不等二分裂是二分裂的变体形式，柄细菌的繁殖就是一个典型的例子。柄细菌的形态很有趣，它仅在一端生出一根鞭毛（细菌的运动“器官”）。繁殖前，在生鞭毛的一端长出一个柄，此时，鞭毛就消失了，之后，细胞伸长，在细胞的另一端长出一根鞭毛。细胞分裂后，形成形态不同的两个子细胞，一个有柄但无鞭毛，另一个只有鞭毛却无柄。有鞭毛的细胞生长到一定阶段，又开始上述的不等二分裂繁殖过程。
细菌在人工配制的固体培养基上生长、繁殖时，大量细胞以其母细胞为中心，聚集在一起形成一个肉眼可见的、具有一定形态结构的子细胞群，称之为菌落，许多菌落连成一片时，则称之为菌苔。菌落可作为菌种鉴定和判断纯度的重要依据。
细菌的形态
细菌是单细胞生物，也就是说，一个细胞就是一个个体。细菌的基本形态有三种：球状、杆状和螺旋状，分别被称为球菌、杆菌和螺旋菌。
球菌大小以直径表示，多为0.5-1.0微米。根据分裂后细胞排列方式的不同进行分类。细胞分裂后，新个体分散而单独存在，是单球菌，如尿素微球菌（Micrococcus ureae）。两个细胞成对排列，是双球菌，如肺炎双球菌（Diplococcus pneumoniae）。经两次分裂形成的四个细胞联在一起呈田字形，是四联球菌，如四联微球菌（Micrococcus tetragenus）。多个细胞排成链状，是链球菌，如乳链球菌（Streptococcus lactis）。细胞沿着三个互相垂直的方向进行分裂，分裂后的8个细胞叠在一起呈魔方状，是八叠球菌，如尿素八叠球菌（Sarcina ureae）。细胞无定向分裂，形成的新个体排列成葡萄串状，是葡萄球菌，如金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）。
杆菌的大小以宽度×长度表示，一般为0.2-1.25×0.5-5.0微米。分为单杆菌、双杆菌、链杆菌等。菌体两端形态各异，如钝圆、平截或略尖等。各种杆菌的长度与直径比例差异很大，有的粗短，有的细长。杆菌是细菌中种类最多的，如大肠杆菌（Escherichia coli）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtlis）等。
杆菌的大小以宽度×长度表示，一般为0.2-1.25×0.5-5.0微米。分为单杆菌、双杆菌、链杆菌等。菌体两端形态各异，如钝圆、平截或略尖等。各种杆菌的长度与直径比例差异很大，有的粗短，有的细长。杆菌是细菌中种类最多的，如大肠杆菌（Escherichia coli）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtlis）等。
螺旋菌大小一般为0.3-1.0×1.0-50微米，根据细胞弯曲程度和螺旋数目分为两种。若菌体弯曲不足一圈，似逗号形，称为弧菌，如霍乱弧菌（Vibrio cholerae）；菌体回转如螺旋状，则称为螺菌，如减少螺菌（Spirillum minus）。
除此之外，还有一些特殊形态的细菌，如长有附属丝的红微菌，丝状的亮发菌等。
细菌的结构
细菌细胞是原核细胞，就是在细胞中没有细胞核结构，只有明显核区（拟核），外面无核膜包围。与有真正细胞核的真核细胞相比，其它结构成分也有差异，如原核细胞壁的主要成分是一类含有氨基酸的多糖，称为肽聚糖，而真核细胞壁主要由纤维素或甲壳质组成。
细菌细胞的基本结构是一般细菌共有的结构，包括细胞壁、细胞质膜、拟核、细胞质。细胞壁是位于细胞最外面的一层坚韧而略具弹性的结构层，主要由肽聚糖构成，有固定外形和保护细胞等多种功能。
细胞质膜是紧贴在细胞壁内侧，包围细胞质的一层柔软且富有弹性的半透性薄膜，是重要的代谢活动中心，对于细菌的呼吸、能量的产生、运动、生物合成、内外物质的交换运送等均有重要的作用。
拟核位于细胞质内，是一种没有核膜、没有核仁、没有固定形态、结构也较简单的原始形态的核，其实质是一个大型环状的双链DNA分子，是负载细菌遗传信息的物质基础。
细胞质是由细胞质膜包围着的，除拟核以外一切透明、胶状、颗粒状物质的总称。具有维持细胞内环境平衡等多种功能，分散于细胞质中的核糖体颗粒是蛋白质合成的场所。
细菌细胞的特殊结构包括鞭毛、菌毛、荚膜、芽孢等，是某些细菌在某生长阶段具有的结构。鞭毛是某些细菌表面着生的一至数根由细胞内伸出的细长、波曲的丝状体，具有运动的功能。鞭毛在菌体上的着生位置、数目因种而异。菌毛（又名纤毛）是在细菌体表的比鞭毛更细、更短、直硬，且数量较多（250-300根）的丝状体，与细菌吸附或性结合有关。
荚膜是某些细菌向细胞壁表面分泌的一层厚度不定的胶状物质，它犹如穿在菌体表面的一件外套，用显微镜观察，中心部位是细菌菌体，在暗色背景下荚膜呈透明状环绕菌体，具有抗干燥、抗吞噬和附着作用。
芽孢是某些细菌于生长后期，在细胞内形成的一个圆形、椭圆形或圆柱形的休眠体，能产生芽孢的多为杆菌，产芽孢母细胞的外壳称芽孢囊。芽孢在菌体内的位置、形状、大小因种而异，有中央位、端位、近端位等。芽孢直径大于或小于等于菌体宽度。芽孢具有极强的抗热、抗辐射、抗化学药物和抗静水压等特性，堪称生命世界之最，所以有些细菌在环境条件不利于生长繁殖时便会形成芽孢。
细菌的繁殖
二分分裂繁殖是细菌最普遍、最主要的繁殖方式。在分裂前先延长菌体，染色体复制为二，然后垂直于长轴分裂，细胞赤道附近的细胞质膜凹陷生长，直至形成横隔膜，同时形成横隔壁，这样便产生两个子细胞。
单个或少数细菌细胞生长繁殖后，会形成以母细胞为中心的一堆肉眼可见、有一定形态构造的子细胞集团，这就是菌落。细菌菌落常表现为湿润、粘稠、光滑、较透明、易挑取、质地均匀以及菌落正反面或边缘与中央部位颜色一致等。细菌的菌落特征因种而异。
