在食用菌的制种和栽培过程中，经常受到害虫和杂菌的危害，据不完全统计，由于病虫的危害造成减产20%—30%，严重时甚至绝收。用化学药剂防治病虫害，长时间使用单一药剂使病虫抗性增强，防治效果降低，且残留量大，会对人体健康构成威胁，也会造成严重的环境污染。生物防治则具有许多独特的优点，因而近年来受到世界各国的普遍重视。
　　一、病害的生物防治
　　(一)真菌性病害的生物防治
　　1．采用大蒜提取液防治食用菌杂菌 在我国林辰壹(2000)测定了大蒜提取液对青霉、曲霉、根霉、木霉的抑制作用，试验证明，离体条件下大蒜提取液对四种食用菌竞争性孢子的萌发都有抑制作用，它们的有效抑菌浓度小于1％，其中根霉的浓度最低，为0．182％。随着大蒜鳞茎提取液浓度的增加，泡子萌发抑制率最高，抑制作用增强。大蒜的抑菌能力与其含有大蒜素(Allicin)有关，随着检测手段的提高，近年来从大蒜中有分离出比大蒜素化学性质更稳定、杀菌能力更强的物质阿霍烯(Ajone)，科学家对大蒜的杀菌能力有了新的认识。大蒜鳞茎提取液对杂菌表现出一定的抑制作用，且在一定的抑菌浓度范围内(0．125％—1．25％)对平菇菌丝生长和子实体生长均未产生影响。
　　2．采用绿霉浸出液防霉 在食用菌的袋料栽培中，特别是在生料开放式栽培中，采用绿霉A12浸出液作抑菌剂防霉效果很好。经李俊明试验证明，生料栽培香菇栽培养料中加入A12浸出液，其抑菌效果优于多菌灵和高锰酸钾，且A12浸出液主要起的是抗生作用，与多菌灵相比，用量多少不会抑制食用菌菌丝生长。在进行生料栽培中，绿霉A12浸出液的量一般占培养料的10％。
　　3．采用灰黄霉素防治杂菌灰黄霉素能干扰真菌细胞DNA的合成，从而抑制其生长；灰黄霉素在高压灭菌30min的情况下活力也不丧失，所以在配料时可将其拌入。齐家骁试验认为，30—150mg／kg的灰黄霉素对防治杂菌污染有效，其中以60mg／kg的灰黄霉素效果好。60mg／kg灰黄霉素在香菇袋栽生产上效果明显，成品率可达87％以上，且不影响香菇的正常出菇。在生产中，可将60mg／kg的灰黄霉素应用到PDA培养基及袋料生产上。
　　(二)细菌性病害的生物防治
　　细菌性病害包括：细菌性斑点病、软腐病、干腐病等，其中细菌性斑点病是造成世界上栽培蘑菇经济损失的重要病害。细菌性斑点病是一种假单胞杆菌引起的双孢蘑菇的常见病害，在高温高湿条件下极易发病，但有时在通风良好、湿度不高的情况下也发生。这种病原菌在成熟子实体菌盖和菌柄的表面造成轻微内陷的褐色病斑，1985年此病使英国蘑菇产量损失5％—10％，并有10％降级。在防治中除使用杀菌剂外，近几年使用病原体拮抗菌的生物防治研究也很活跃，通过大量的工作，已筛选分离出与病原体亲缘关系最近的拮抗菌——荧光假单孢杆菌。严格的卫生预防措施，并结合控制环境和施用拮抗细菌，将能令人满意地在蘑茹栽培中减少使用化学药剂，以达到经济有效地防治病害。
　　Terence使用梯变浓度培养技术和抗菌素浓度递增的再次培养法分离出的M98和AM20是较好的拮抗菌，可以使蘑菇细菌性斑点病的拮抗率在50％以上。拮抗菌必须施于第一潮菇出现之前，因为一旦病原菌在蘑菇中定殖，防治效果就很小。拮抗菌一次施用的最佳施用时间是在覆土时，即与病原菌同时施用，但在栽培过程中施用拮抗菌3次，则防治更为成功。
Ank Muunjal通过试验测出：臭味假单胞杆菌可抑制斑点病症状的发生，臭味假单胞杆菌是有益菌，有促进双孢蘑菇子实体产生的作用。可在商业室内栽培试用，使覆土中拮抗菌的数量大大超过病原菌。已有研究表明：采用土霉素防治细菌斑点病效果显著，蘑菇子实体大批出土时，用120粒土霉素(含量25万单位／粒，剂量0．25g／粒)加水100kg喷施，每天1次，连喷两次，当子实体零星生长时，再用15粒土霉素加水50kg，每隔两天喷1次，连喷两次，另外结合通风合理喷水调节湿度，其效果更佳。
　　二、虫害的生物防治
　　1．捕食性动物的应用对蘑菇害虫的防治而言，人们最感兴趣的是那些能捕食的螨类。双革螨似乎只捕食线虫，而类寄螨与窄株螨的食性都很广，能捕食尖眼菌蚊、瘿蚊和小杆线虫(Rhabitid nematodes)等多种害虫。
　　王兆唐等试验发现，在稻田套袋平菇可有效利用稻田中的天敌——蜘蛛来防治害虫。稻田害虫的天敌也是平菇害虫的天敌，组成食物链和食物网，保持生态平衡，在稻田里尤以蜘蛛为主，蜘蛛种类多，数量大，捕食效果好，是害虫的优势天敌，能在土缝中、空气、水上、杂草、农作物上生活，以游丝飘移扩散，蜘蛛在稻田是室内(包括塑料大棚蘑菇)的70多倍，故在稻田套栽平菇可以有效抑制害虫的为害。
　　2．寄生生物的应用寄生生物主要是指类寄生生物的各种线虫。英国以斯氏线虫、异小杆线虫的研究最多，这两种线虫的寄生范围很广，并且易繁殖，药效快，应用前景很好。斯氏线虫已有商品化制剂，商品名为 “NemasysM”和“Stealth”，其中NemasysM已广泛用于防治蘑菇尖眼菌蚊。小杆线虫属线虫的寄主范围很广，小杆线虫的“传染性”能使许多昆虫致病，而且它们特别适合生存于这些昆虫中。最近澳大利亚已研究出了离体大量生产这类线虫的方法，在易于管理操作的大容器中，产量已超过20亿条线虫。据(英)理查森试验测得对于已被尖眼蕈蚊感染的蘑茹培养料，在覆土时施放二氟脲可把蘑菇的损失量降低到12％，施放线虫培养料的蘑菇平均产量最高。
　　3．病原菌的应用
　　(1)细菌。研究最多、应用最广的细菌是苏云金杆菌，这种细菌产生的伴孢晶体和芽孢都有杀虫作用。苏云金杆菌以色列亚种能杀灭双翅目害虫，特别是杀灭各种菌蚊的效果很好，已被广泛应用。在菇房中使用后，提高了蘑菇产量，增产效果明显，可有两种原因：①改进对成虫的控制可提高产量，也可以降低发病率，减少不能上市的病菇数；②在ABG—6193生产中，由细菌发酵产生的脂类和蛋白质可起到为双孢蘑菇补充营养的作用，堆制过程优化了嗜热菌的有氧发酵，从而为蘑菇提供了营养。在苏云金杆菌以色列变种的液剂中，除了能杀死幼虫的蛋白质外，还有细菌产物及来自发酵液的剩余脂类。
　　(2)真菌。能用于生物防治的真菌很多，例如菌寄生物、绿僵菌、帮斗哈菌和节丛孢菌最有应用价值。不规则节丛孢菌的生物制剂在市场已有出售，该菌能防止各种蘑菇害虫。
　　殷仲森研究鉴定得出，利用多毛菌可防治菌螨，多毛菌分生孢子接触到菌螨体表面后，随即萌发钻入螨体内，吸收其营养而呈分枝生长，致使菌螨懒于爬动，直至死亡。
　　（3）激素的应用。外激素（即性激素）的防治机理是使害虫丧失交尾繁殖的机会。危害蘑菇的许多双翅目害虫，例如头状实蝇（Ceratitiscapitata）、尖眼菌蝇(L.mali)和粪蝇(M.halterata)的外激素已被发现，有的已被人工合成，但人工合成的外激素活性不如天然外激素。种间激素是指食物中含有一类能吸引某种动物的挥发性物质，人们可以用种间激素诱捕该种动物。据推测，巴氏灭菌后的蘑菇堆肥能散发出一种吸引金毛尖眼菌蚊的物质，蘑菇菌丝散发出的混合气味能吸引雌性粪蚊。驱虫素和拒食素的应用效果也非常明显，若食物中含有驱虫素，害虫闻之就退避三舍；若含有的拒食素，则害虫取食后就拒绝再次进食，并滞留在原处直直死亡。试验表明，蘑菇菌丝的代谢副产物草酸钙有驱虫作用，但作用不明显，不能独立起防治作用。