2、病原菌与发病条件：
　　轮枝菌的初侵染源来源于覆土材料，而分生孢子是再次侵染源。休眠的菌丝可以存活相当长的时期。轮枝菌的分生孢子包着极粘的粘液。正是这种粘液把孢子粘附到尘埃、蝇类、螨类和采菇者身上而传播，而喷水也是散布病原菌孢子的重要途径。水分带着孢子流淌到菇床和地面而进一步传播。轮枝菌孢子萌发的温度为１５－３０°Ｃ，发病的最适温度为２０°Ｃ。在２０°Ｃ下从感病到出现畸形症状大约为１０天，而菌盖出现病斑只要３－４天。另真菌寄生轮枝菌喜热变种和蘑菇轮枝菌在２７°Ｃ状态生长最好。
　　3、防治方法：
　　（１）、参照蘑菇疣孢霉病的防治方法。
　　（２）、及时用菇虫净１０００倍防治蚊蝇、螨类。
　　（３）、使用药效较高的杀菌剂：轮枝菌已对多菌灵、苯菌灵产生了抗性，因此以５００倍的多菇丰和代森锰锌、施保功交替使用，具体施用方法参照疣孢霉的防治法。 
　　（三）、胡桃肉状菌
　　此菌是蘑菇和金针菇上最顽固的竞争性霉菌。它不仅跟蘑菇菌丝争夺养分和空间，而且还会侵害菌丝，造成菌丝死亡
　　１、病原菌与症状：胡桃肉状菌最初菌源来自于覆土的土壤，但初侵染后的蘑菇场地容易存在其子囊果和子囊孢子，孢子能侵入菌种瓶内，侵染蘑菇菌种和金针菇菌袋。被侵染的菌袋带有漂白粉气味。在菇床上，胡桃肉状菌早于蘑菇发生，则可导致毁灭性减产。胡桃肉状菌菌丝白色，随着菌龄增加变成黄白色。在培养料中初为丛状的茂密的白色小菌丝，后逐渐形成子囊果。子囊外形呈胡桃肉状或是牛脑状。菌块成熟时变暗红色。子囊果内着生子囊，子囊内含有８个子囊孢子。子囊孢子萌发的温度为１６－３５°Ｃ，最适温度是３０°Ｃ。在蘑菇生长菌丝刺激下而萌发。凡潮湿萌发的孢子不耐高温，通常在６０°Ｃ下３０分钟可被杀灭。但干燥的孢子在８０°Ｃ下处理１２０分钟也不易死亡。当菇房温度控制在１８°Ｃ以下，孢子不易萌发为害。
　　２、防治方法：
　　（１）、避开高温，适温播种：在有发生过胡桃肉状菌病害的菇房，在秋播时尤其要注意。应适当推迟播种期，当气温稳定在２５Ｃ°左右开始播种。在湿度由高向低发展的季节里播种出菇是比较安全的。
　　（２）、提高二次发酵期的温度和时间：在二次发酵时控制料温７０°Ｃ，保持１２小时或８０°Ｃ２个小时可杀死子囊孢子。
　　（３）保证菌种的纯度与活力：菌种不带此菌，又具有活力，能快速地占领培养料，也可减低发菌程度。
　　（４）、严格进行土壤处理，有条件的地方土壤应用蒸汽消毒，有效地控制发病菌源。
　　（５）、注意菇房通风，避免高温高湿：当菇床出现症状，要及时停水，进行通风，挖除病灶，撒上多菇丰干粉，让其干燥。待温度降至１８°Ｃ时开始浇水催菇。
　　（６）、熟料栽培，对于高温蘑菇可用熟料袋栽发菌、脱袋覆土的方式，防止胡桃肉状菌为害。
　　（四）、细菌性斑点病或褐斑病
　　蘑菇细菌性斑点病又名细菌性褐斑病、细菌性麻脸病，是蘑菇生产上的常见病害，尤其在江苏、四川、浙江一带的春菇。在高温高湿的环境下，迅速发病和流行，严重影响了品质和产量。
　　１、病原菌与症状
　　斑点病是由一种广泛分布于空气、土壤、水源和培养料中的托拉斯假单孢杆菌引起发病。此病最典型的症状是菌盖表面发生暗褐色小区或病斑。发病初期颜色较浅淡，逐渐发展为暗褐色病斑。严重的导致菇体畸形，菌盖上发生斑点症状的地方会裂开。有时菌柄可发病。菌盖症状分布的部分通常都是菌盖上水份保持较长久的部分。在长期潮湿的状况下，其组织抗性降低而导致细菌侵入发病。
　　在出菇阶段的温度范围内，引发斑点病的重要因素是湿度。当菇房内湿度超过９０％，加上通气不够，凝聚在菇盖上的水份得不到及时蒸发，就极易引起细菌侵入而发病。病原菌一旦在蘑菇上蔓延，使得覆土里细菌数量超过临界水平时，大量的蘑菇就会得病。
　　１、防治方法：
　　（１）、适当降低菇场内湿度，加大通风量，是减少细菌性病害的有效方法。
　　（２）、药剂防治：当出现病状要及时用药，控制病害程度。选用对细菌防效较好的药剂，如：菌毒清１０００倍、菇菌清３００－５００倍，施药前后菇床停水一天，用药量每米²用药液量１００－１５０kg。间隔３－４天再用药，连续用３天以上，能有效地控制住病害的蔓延和发展。
　　（３）、及时清除病菇和废料，保持菇场清洁干净。
　　（五）、蘑菇病毒病
病毒病是区域性病害，一旦发病，患病区的产量、质量受到极大损失。病毒种类以病毒粒子的不同形状、大小而区分。现世界上分析出蘑菇病毒有５种，分别以１－５号标记。
　　１、病原菌与发病条件：在健康的菇体上也能查出病毒颗粒，但只有在菌丝或菇体中的病毒粒子浓度增加到一定数量，或２个不同型的病毒共同侵染，才能引发症状、引起减产。病毒病引发的症状有多种：如：菌柄伸长、菌盖歪斜、子实体未成熟就开伞、菇体变色、菇体腐烂但无明显的症状等。而在菌丝阶段的症状表现在菌落异常，转接试管后，菌丝不及时吃料和伸长，生长速度比健康的菌丝慢一倍以上。播种后菌丝不易吃料、菌落发黄、容易干枯死亡。病毒传播的途径有几种：如带病毒的菌丝与健康病毒的联接；带病孢子弹射到健康培养料中萌发传播；菇蚊、菇蝇、螨虫等传播；人工操作时而造成病毒传播。
　　２、防治方法：
　　（１）、选用无病毒的菌种：在菌种的试管阶段就要仔细观察菌落形态、生长速度等指标，如有置疑，立即换掉。同时防止菌种带虫带菌而带入病毒。
　　（２）、加强老菇房的消毒，用过氧乙酸可彻底清除病毒源。
　　（３）、在出菇阶段，及时采收菇体，防止老菇开伞，及时防治病虫害，防治病毒传播。
　　（４）、菇房轮作或休闲，对于发过病的菇房应改种不易发生病毒的食用菌品种，或是将菇房休闲一个季节，以减少病毒源。