食用菌和其它植物一样，在生长发育过程中，当生态环境条件不能满足其所需的最低要求时，就会发生代谢性的障碍而使菇类畸变，这属于生理性病害。在菌丝体阶段表现为菌丝萎缩或徒长，在子实体阶段则表现畸形。
　　1、菌丝徒长。主要发生在磨菇栽培中的覆土层，绒毛菌丝持续不断的往细土表面生长，菌丝徒长严重时，甚至浓密成团，结成菌皮，推迟出菇，并且由于消耗养分过多而降低产量。
　　出现菌丝徒长，应加强通风，降低二氧化碳浓度和空气相对湿度，并且降低菇房的温度，抑制菌丝生长，促进菇蕾形成。如果土面或栽培块表面已结成菌块，必须用刀将菌块划破，喷重水，大通风，仍可形成子实体。
　　2、菌丝萎缩。蘑菇栽培中，有时在发菌或出菇阶段出现菌丝发黄、发黑、萎缩甚至死亡的现象。产生的原因：①料害：多出现在播种之后3-5天。建堆时化肥添加过迟，培养料含氨量过高导致"氨中毒"而死亡。堆料配制时 C/N不适,发酵时间过长，培养料过于腐熟，产生酸化，则会造成培养料内菌丝萎缩成细线状；②水害：覆土层喷水过急，水分渗漏入料层，造成培养料过湿而缺氧，致使菌萎缩；③气害：高温湿条件下，菌丝新陈代谢加快，造成二氧化碳浓度过高，菌丝易发黄死亡。
　　3、死菇现象。在出菇期间，幼小的菇蕾或小的子实体，在无病虫害的情况下，发生变黄萎缩，停止生长甚至死亡的现象，主要原因：①气温过高或过低，不适合子实体生长发育；②喷水重，菇房通风不良，加上气温高，空气湿度大，氧气供应不足，二氧化碳积累过多，造成菇蕾或小菇闷死；③出菇过密，在生长过程中，部分菇蕾因得不到营养而死亡或因采菇时受到震动、损伤，也会使小菇死亡；④喷药次数过多、用药过量，会使基原渗透压升高或菇体中毒，从而发生药害而死菇。
　　4、畸形菇。形成的子实体形状不规则，如柄长盖小、歪斜等，造成畸形菇的原因：①机械损伤，粗土颗粒过大，出菇部位过低，与木框发生挤压、碰撞等；②栽培室内光线不足或二氧化碳浓度过高，栽培环境过于密闭，尤其冬季只注意室内保温措施，忽视了随着子实体发育菇体需氧量倍增的习性，另外过于追求栽培数量，忽视栽培数量与空间比例的关系，造成栽培场过分拥挤，栽培层架中通风不良，二氧化碳浓度过高。
　　5、空心菇。当气温高于18℃，水分供应不足，湿度低于90%时，菌柄中易产生空心现象，如果气温过低，菇生长缓慢，在菇床面停留时间过长，也会产生空心菇。为了防止空心菇发生，在蘑菇盛产期应注意加大喷水量和提高菇房内的温度。