由于银耳芽孢 (从银耳子实体上分离得來的) 没有纤维素酶和半纤维酶, 不能分解纤维素和半纤维素, 甚至也不能利用硝态氮, 对淀粉水解力也差, 因此它不能单独在培养基上生长。
其生长发育必须有一种名叫“香灰”的真菌伴生着，这种真菌的子囊果为黑色颗粒, 在马铃薯、蔗糖等培养基上能产生黑色色素, 其分生孢子为黄緑色, 形似灰, 故名。香灰菌丝是银耳菌丝的伴生菌, 它对木材有分解能力, 能帮助银耳菌丝获得所需要的养料。

　　由此可见，在制作银耳各级菌种时，每支试管、每个菌种瓶、每个种植袋（甚至每个接种穴）中都必须让银耳菌丝（双核菌丝，又称白毛团或芽孢状菌种）和伴生菌香灰菌丝在培养基（料）中按比例、协调地生长，才能培养出有实用价值的，可以用于实际种植的有效菌种，这点不同于其它食用菌品种。

　　为了保证银耳菌种质量，科研人员首先把银耳双核菌丝"白毛团"、酵母状分生孢子"芽孢"、香灰菌丝（又称羽毛状菌丝、耳友菌丝）分别单独分开培养，分开保藏。只有到了制种季节才把两种纯菌种搭配起来，进行混合培养，制成生产上用的各级母种、原种或种植种供各地菌种场或种植者使用。由此可以知道，研究单位保藏的银耳菌种和生产单位使用的菌种是不同的。研究所用的银耳菌种，可以说是一种始祖菌种，是社会上一切生产种的老祖宗，育种学家们称之"原原种",是单一菌种的纯培养物。这些纯菌种供育种、研究专用，一般不对外供应。而社会生产用的银耳母种、原种和种植种则是双菌培养物，即把银耳菌丝或芽孢与香灰菌丝（子囊菌）同时接种在培养基中进行混合培养。这样的菌种一般只使用一次。否则在转管时容易人为地把双菌分开，使培养物中银耳菌丝逐渐减少，绝大部分剩下香灰菌丝而致使银耳种植失败。下面介绍银耳菌种的分离、制备及保藏技术：

　　分离技术：获得银耳菌种的方法主要有担孢子弹射分离法、组织分离法和耳木分离法。新型银耳菌种分离技术和福建古田县银耳栽培技术又有新突破一文中也有相关内容，可参考之：

　　1、孢子弹射法 这是利用新鲜的、成熟的子实体自动弹射出担孢子来获得纯菌种的方法。取朵大、色白、无病虫害的新鲜银耳作为种耳。

　　用无菌水漂洗银耳数次，再用无菌纱布或吸水纸，把银耳表面的水分吸干。因为耳片表面若有薄水层，便会影响银耳担孢子的弹射，并容易污染上杂菌。再把种耳切一小块，以放入三角瓶或放入试管中不会碰到瓶壁或管壁为度，随后用不锈钢小钩钩住小耳片，迅速悬挂在三角瓶或试管内，同时注意勿使种耳碰到培养基表面，以防污染杂菌，塞上棉塞，然后放在20-25℃条件下，经24小时，从耳片上弹射出来的担孢子，落在光滑的培养基表面上形成一个雾状的孢子印。此时，在无菌箱或无菌室中，将悬于瓶内的耳片取出，再塞上棉塞，移到20-25℃的室中培养，经2-3天，培养基表面就会出现许多乳白色、糊状的小菌落。此系银耳的酵母状分生孢子。当培养基上出现酵母状分生孢子的菌落时，为了防止和减少污染，应尽快地进行提纯，即挑取少许没有杂菌的银耳酵母状分生孢子，移入新的试管中进行培养。不管银耳担孢子或酵母状分生孢子都不容易萌发成菌丝，所以直接用于生产时有困难，目前已较少采用。不过，为了获得银耳有性繁殖的后代，必须采用担孢子分离法，并使之萌发成单核菌丝，然后进行配对实验。

　　2、组织分离法 和香菇、平菇不同，银耳组织分离法比较难操作，实用意义也不大。因为耳片一旦胶质化之后，就不容易再长出菌丝，况且段木种植的或野生的银耳，暴露在外界的生长时间很长，耳片上必定会附着各种杂菌，组织分离时既不容易把附着的杂菌洗掉，又不容易用药品进行表面的灭菌处理，且容易导致银耳和条菌同归于尽。只有位于树皮和木质部之间的肥厚的耳基比较容易进行组织分离，可以获得银耳的纯菌丝。不过用耳基分离来的银耳纯菌丝常是鹅黄色的或橙黄色的，不是纯白的，菌丝生长的速度也比较慢，效果也不太理想。

　　3、耳木分离法 利用长了银耳子实体的段木（简称耳木）来进行分离，是目前获得有实用价值的银耳菌种最主要的方法。

　　耳木分离法的主要技术是排除耳木中杂菌的干扰，防止分离时污染杂菌，必须把银耳菌丝和香灰菌丝单独分离出来。对初学者来说，耳木分离法是不容易掌握的，必须反复练习，直到掌握分离的要领。耳木分离法的主要步骤如下：

　　①、耳木选择 在长第一、二批银耳时，取长耳最多，质量最好（尤其是片宽、色白）,杂菌最少的耳木一小段，作为分离材料。分离材料经风干，并用熏蒸剂驱虫（特别是螨）后，移入无菌箱或无菌室中进行分离。

　　②、耳木灭菌 先把耳木锯成2-4cm厚的木轮，然后去掉树皮、耳基，放入接种箱（室）中，耳木表面用0.1%升汞水或70%酒精揩擦灭菌。技术熟练者也可以不经表面灭菌，就进行分离。

　　③、耳木取种 通过耳基着生处把耳木纵切成两瓣。然后，在耳基着生处的正下方木材内部剃取极小的木屑粉末（不能用小木片，接种块越小，得到银耳纯菌种的机会越大，接种块越大得到香灰菌丝，或香灰菌丝夹杂一点银耳菌丝的机会越多）,接种在试管中的培养基表面。接种后，把试管放在20-28℃的室温下培养，数天之后接种块的周围就开始长出菌丝来。

　　④、分离结果 由于分离的技巧不同，分离的结果也不一样。大致可以得到如下几种结果：

　　只得到银耳菌丝；只得到香灰菌丝；同时得到银耳菌丝和香灰菌丝，但香灰菌丝占绝对多数；得到银耳酵母状分生孢子和香灰菌丝。如果有杂菌干扰，分离的结果就更复杂了。

　　为了获得有生产价值的银耳菌种，在分离后的第3-7天内要天天观察，把银耳菌丝和香灰菌丝单独分离出来。

　　银耳菌丝的特征： 白色、淡黄白色以及由白色至黄色之间的各种中间色，气生菌丝直立、斜立或平贴于培养基表面，基内菌丝生于培养基里面。菌丝直径l.5-3微米，有横隔膜，有明显的（但不是每个横隔膜上都有）锁状联合，生长速度比一般蘑菇缓慢。在某些情况下，在培养基表面会出现缠结的菌丝团，并逐渐胶质化，变成小原基，长出小耳片。当双核菌丝开始胶质化时，在菌丝顶端可以发现有若干担子样的膨大细胞，这意味着双核菌丝已进入结实阶段。双核菌丝继代（移植）后或继续长出新的菌丝，或迅速胶质化，长出耳片，也可以变成粘糊糊的酵母状分生孢子（取决于菌株的菌龄、发育程度、培养基表面的水层，接种针热或冷，接种时手势轻或重等刺激）.由双核菌丝断裂成的"酵母状分生孢子"在适宜条件下变成银耳菌丝。

　　香灰菌丝的特征： 菌丝初无色，大量生长时白色，羽毛状， 常有特别细长的主干和侧生的略呈"羽毛状"的分枝，老菌丝变淡黄色，淡棕色，培养基逐渐由淡褐色变为黑色或黑带绿色。培养基表面的气生菌丝灰白色，细绒状，有时有碳渍的黑疤，分生孢子梗近扫帚状，分生孢子少见。若用木屑培养基，破瓶后可发生黄绿色至草绿色的近椭圆形的分生孢子。在段木表面可以产生扁平黑色的子座。已知香灰菌可能不是单一个物种，可能隶属于碳团属和碳豆属。有3-4种，其中有一种经鉴定初步认为是阿切尔碳团（Hypoxylon archeri）。