食用菌菌丝繁殖快，易变异，菌种保藏难度较大。现介绍几种效果很好而且简单易行的保藏新方法。
　　一： 斜面低温保藏法这是一种最简单的保藏法，即将生长旺盛无污染的斜面试管放入冰箱内，在4℃~6℃的低温下保藏，以后每隔2－3个月移接于新鲜的斜面培养基上，培养后再继续保藏（以补充菌丝的养分和水分，防止菌丝老化）。
　　二、液体石蜡保藏法：选用化学液体石蜡，高压灭菌后放入40℃恒温箱中数小时或干燥器中数日，用无菌吸管或注射器吸取液体石蜡，注入菌种试管。注入量应高出斜面尖端1厘米左右，塞上棉塞，用蜡封好，直立保藏在清洁、干燥、凉爽的低温处，可保藏5年左右。 
　　三. 孢子保藏法：用2×0.5×0.8厘米经灭菌的滤纸条吸附上孢子，可参考孢子分离法，然后把带孢子的纸条放入无菌试管内，置干燥器内2—3天吸干水分，再改用胶塞。在冰箱或室温内可保存多年。
　　四. 菌丝球保藏法：常用经灭菌的生理盐水、无菌水、蒸馏水、营养液等装入试管约5毫升作媒介，把经过液体培养至对数生长期的菌丝球4—5个，移入媒介内，用胶塞封口，冰箱摄氏4度或室温可保存1—2年。
　　五. 液氮保藏法：常用经灭菌10%甘油蒸馏水或10%二甲基亚砜蒸馏水为保护剂，注入斜面母种管，刮下菌丝体成悬浮液或孢子液，吸取菌液0.5—0.8毫升注入已灭菌安瓿管，熔封管口，置液氮冷冻器内，每分钟降摄氏1度，1小时内使其温度降至摄氏负35度，其后迅速降至气相摄氏负150度，液相摄氏负196度保存。保存期可超过10年。
　　六、麸皮保藏法：称取一定量的麸皮加水或营养液后拌匀后拌匀即可使用。水、麸皮比例约为1:0.8。拌好的麸皮装入试管，高压灭菌后接入菌种，放在适温下培养。菌丝体发育好，将试管放入干燥室温下进行干燥。干燥后放在20℃以下干燥处保藏，可保藏3-5年时间。
　　七、生理盐水保藏法：将菌种接入马铃薯培养液中，每250毫升三角瓶装60毫升培养液，振荡培养或每天摇动5-10次，培养5-7天，然后将形成的菌丝球吸入装有5毫升无菌生理盐水的试管中，每管约移入4-5个菌丝球，塞上棉塞，用蜡封好管口，置低温下可保藏1年
　　八、麦粒保藏法：取优质小麦，淘洗后浸入20℃水中泡5小时，稍加晾干，装管。装入量以管长的1/4到1/3为宜，灭菌，趁热摇散，冷却后接入菌丝体，室温培养至大多数麦粒上出现稀疏菌丝时终止培养。置于25℃以下干燥处，可保藏1-2年。