对食用菌危害细菌种类很多，较常见的有芽孢杆菌、假单胞杆菌、黄单孢杆菌、欧氏杆菌等。
菌种的细菌污染主要源于消毒（灭菌）过程中还存活的抗热细菌而引起的，它不像气生的中温性细菌是消毒之后通过菌种袋或瓶的间隙而进入的。
第一类细菌性变质称为“湿斑”或“腐烂”，变质发生的过程很快，只需要一个晚上就能影响到整批或几批菌种。如果连续污染就会给菌种生产造成巨大损失。“湿斑”开始发生于菌种基料之间的接触点，经过一段时间，就会出水，并形成湿斑。在适宜的条件下，细菌每隔20-30分钟就繁殖裂变一次。
第二类细菌性变质使菌种成为酸败菌种。其表现症状为其外观生长良好，就像好的菌种一样，但到菇农手中就出水泛酸。这种细菌是由于灭菌不彻底而存活在培养料中，在蘑菇等食用菌菌丝生长时保持不变，因此，菌种生长正常，从表面上看是正常的，假如把这些菌种放在32-37℃的环境中，细菌就开始活动了，并使菌种酸败，如果把酸败的菌种再放到2-4℃的环境中，细菌的营养细胞又会逐渐消失，菌种又会长满菌袋。
危害症状
在食用菌生产中，细菌是污染杂菌的一个大类，细菌与酵母菌相同：都不具备菌丝结构，在食用菌菌丝生长阶段，以污染母种斜面培养基和谷粒基质为主，而在秸秆及粪草基质上表现不太明显，但在子实体生长阶段，却有着较高的发病率。细菌最大的特征是无菌丝形态，菌落不规则，在PDA培养基上接种后，经过一段时间培养后可使培养基裂开；细菌污染基料或侵染子实体后，可使基料或菇体短时间死亡。
马铃薯斜面菌种受细菌污染后培养基表面呈现潮湿状，有的有明显的菌落，有的散发出臭味，食用菌的菌丝生长不良或不能生长。栽培过程中培养料受大量细菌污染后，有的细菌可能对食用菌的菌丝生长有益，有的则有害，使培养料变质发臭而腐烂。特别是麦粒菌种生长时发生细菌污染严重，菌种瓶壁上有明显的黏稠状细菌液及散发出细菌腐烂的臭味，致使食用菌的菌丝不能生长。
细菌除污染食用菌菌种外，在栽培过程中，也可使培养料变质、发臭、腐烂，致使减产或绝收。部分细菌还可以寄生于食用菌的子实体，引起寄生性病害，在潮湿的条件下，病斑表面可形成一层菌脓（黏液）。
发生原因
细菌可危害多种食用菌。试管母种常感染细菌，造成报废。细菌性病害发生的主要条件是环境中病原菌较多、养菌或出菇时湿度偏高、通风差等。
细菌生长对基质要求有较高湿度，还需要适宜的偏碱条件。危害食用菌的细菌主要有3个属：假单孢杆菌属、黄单保杆菌属和芽孢杆菌属。
假单胞杆菌属，革兰氏染色反应阴性，在固体培养基上，形成白色菌落，有的产生色素；黄单胞杆菌属，革兰氏染色反应阴性，能产生非水溶性的黄色色素，在固体培养基上形成黄色粘质状菌落；芽孢杆菌属，革兰氏反应阳性，生有鞭毛，产生芽孢，芽孢能耐80℃以上高温10分钟以上。芽孢杆菌属可感染固体母种培养基、液体菌种培养基、原种和栽培种培养料，引起杂菌感染。
固体母种感染细菌，每个细菌细胞可在斜面上形成一个菌落。菌落形态各式各样，有的呈圆形突起小菌落，不扩展；有的迅速扩展，很快长满整个斜面；有的先沿着斜面边沿生长，然后再扩展。有的菌落表面光滑，有的粗糙，有的皱褶。有的乳白色、淡黄色、粉红色、暗灰色，有的产生色素，使培养基变色。细菌菌落可先从食用菌接种块处生长，也可在斜面上各处生长。细菌菌落不产生绒毛状菌丝体。还有一种杂菌叫酵母菌，菌落形态呈粘液状，不产生菌丝体，与细菌菌落不容易区分。
而霉菌一般先长出绒毛状白色或淡白色菌丝体，菌落逐渐向外扩展。然后从菌落中心部位长出孢子，不同霉菌的孢子有不同的颜色（有黑色、黄色、橘红色等），使中心部位变色。
细菌广泛存在于自然界中，土壤、空气、水、有机物都带有大量的细菌，高温、高湿利于其生长，条件适宜时从污染到形成菌落仅需几个小时。尤其在高温季节，试管培养基在灭菌和接种过程中，常因无菌操作不当而被细菌侵入，很快地长满斜面，接入的菌种块被细菌包围，导致报废。培养料在低温下发酵，由于水分偏高，堆温难以上升而造成细菌性发酵，造成培养料发黏、发臭，即使再经灭菌后菌丝也难以萌发和吃料。在生产中常因细菌危害而报废大量的菌种和发酵料。
在食用菌的细菌危害种类中，以芽孢杆菌抗高温能力最强，它所形成的休眠芽孢必须通过121℃的高压蒸汽灭菌或正规的间隙灭菌方法才能将其杀死。因此，灭菌时冷空气没有排除干净或压力不足，或保压时间不够，是造成细菌污染的重要原因。此外，接种室或接种箱灭菌不彻底，操作人员未严格遵守无菌操作规程，或菌种本身带有细菌，都是细菌污染的原因。从培养基或培养料的条件上看，PH值呈中性或弱酸性、含水量偏高，有利于细菌生长；从温度条件上看，高温或料温偏高时有利于污染细菌生长。
防治方法
①、菌种分离 提纯或转管扩大培养过程中，首先要保证培养基、培养皿等灭菌彻底。并要求经过灭菌的培养基放在30℃左右的恒温箱中存放2天后再用，以确保无细菌污染。
②、接菌时必须严格按照无菌操作规程进行。
③、菌种生产时要确保母种或原种无细菌污染。控制适宜的含水量，水不能太多，温度也不能太高。
④、栽培过程中首先要求培养料的原料如稻草、麦秸、棉籽壳、玉米芯等干燥、新鲜、无霉变现象；其次是培养料进行高温堆置和二次发酵处理；三是拌料时要用清洁干净的井水或河水，不能用田沟中的污水；四是将70%的“金点二代克霉灵”按干料的千分之一拌料。
⑤、菌种分离或母种扩大培养时，可在也灭菌的试管培养基上加入少量的链霉素或其他抗生素如氯霉素眼药水3-5滴等，并晃动试管，使药液均匀的粘附在培养基的表面，防治细菌生长，保证菌种内没有细菌。但在向试管中滴入链霉素时，应在无菌操作条件下进行，以防止治住了细菌的污染而带来了其他真菌的再感染。抗生素的浓度以每毫升含100-200单位为宜。
⑥、菇床发现污染，立即予以清除，并用1：20倍的“金星消毒液”对菇床进行地毯式的喷洒处理，或1：150倍的“施耳康”水溶液效果也很好，或1：1000倍的50%恶霉灵，但喷药前后必须通风和降低湿度。
