菇棚的有效消毒，可以杀灭病原菌或抑制病原菌的繁殖，切断食用菌病害传播途径，促使食用菌健康生长。但消毒效果受很多因素的影响，有的菇棚消毒效果不理想，甚至消毒失败，造成食用菌病害猖獗。笔者综合大量文献资料，综述一下影响消毒效果的因素分析如下：
消毒方法的选择
应根据消毒的目的和消毒的对象选用不同的消毒方法，合理运用甲醛、硫磺等消毒剂气体熏蒸、克霉灵、碘伏等消毒液浸泡、过氧乙酸、氢氧化钠、消霉乐等消毒药喷雾，以及联合应用不同的消毒方法。如果消毒方法选择不当则达不到预期效果，甚至产生严重的毒副作用。
消毒药品的选择
危害食用菌的病害微生物很多，针对所要杀灭病害微生物的特点选择合适的消毒剂是消毒工作成败的关键，应选择广谱、高效，性质稳定，对食用菌安全，对病原微生物杀灭性能好，作用迅速，对环境无污染，保存和使用方便又不易受环境条件影响的消毒剂。特别提醒的是空菇棚消毒使用药剂应该与有菇棚消毒药剂有所区别。例如甲醛等药剂只适合空菇棚消毒，在有菇棚消毒就严格杜绝。适度的过氧乙酸、氢氧化钠可用于发菌阶段的菇棚消毒。
消毒处理计算
消毒处理计算在热力消毒中指温度而言，在紫外线消毒中指照射强度和照射距离，在化学消毒中指药物浓度。一般来说，多数药物处理剂量和消毒效果及其副作用都是成正比的。但消毒剂浓度的增加是有限的，超越此限度并不一定能提高消毒效力。有的消毒剂的杀菌效力反而随浓度的增加而下降，如70％酒精的杀菌作用比100％纯酒精强。生产中忌讳不按比例的乱配消毒药。
有机物的存在因素
菇棚环境中的有机物如菌糠废料等对微生物具有机械保护作用，可干扰消毒剂杀灭微生物的作用，使消毒剂的杀菌作用大大降低。在消毒前应进行彻底清扫，尤其是容易滋生病害的病源，并选择受有机物影响较小的消毒药物，同时应适当提高消毒剂的浓度并适当延长消毒时间，方可达到预期满意的消毒效果。
温度
许多消毒剂在较高温度下的消毒效果比低温条件下要好。温度升高可以增强消毒剂的杀菌能力和缩短杀菌时间，因为消毒药粒子的运动是随着温度的升高而加快的，冲撞次数增加，杀菌力也随之增强，但要注意氯制剂和碘制剂具有易挥发的特性，温度升高后挥发速度加快，杀菌力反而降低。一般规律是温度每升高10℃，消毒效果增强1-1.5倍。消毒剂抗菌效力的测定通常都是在15-20℃气温下进行。
湿度
很多气体消毒剂的消毒作用与环境湿度密切相关。湿度太低则消毒效果不佳。湿度对许多气体消毒剂的作用有显著影响。这种影响来自两方面：一是消毒对象的湿度，它直接影响微生物的含水量。如用环氧乙烷消毒时，细菌含水量太多，则需要延长消毒时间；细菌含水量太少，消毒效果亦明显降低。二是消毒环境的相对湿度。每种气体消毒剂都有其适宜的相对湿度范围，如甲醛以相对湿度大于60%为宜，用过氧乙酸消毒时要求相对湿度不低于40%，以60%~80%为宜。直接喷洒消毒剂干粉处理地面时，需要有较高的相对湿度，使药物潮解后才能发挥作用。而紫外线消毒时，相对湿度增高，反而影响穿透力，不利于消毒处理。
酸碱度
许多消毒剂的消毒效果受消毒环境酸碱度的影响，如碘类、酚类、次氯酸、来苏尔等消毒剂，在酸性环境中杀菌作用增强；而阳离子消毒剂如新洁尔灭等，在碱性环境下杀菌作用增强。pH值可从两方面影响消毒效果，一是对消毒剂本身的作用，许多消毒剂对酸碱度很敏感，pH值变化可改变其溶解度、解离度和分子结构；二是对微生物的影响，病原微生物的适宜生长pH值在6～8之间，过高或过低pH值有利于杀灭病原微生物。
微生物的种类和数量
由于绿霉、链孢霉、细菌、病毒等本身的形态结构及代谢方式等生物特性的不同，其对化学消毒剂表现的反应也不同，细菌的芽胞因有较厚的芽胞壁和多层芽胞膜，结构坚实，消毒剂不易渗透进去，所以芽胞对消毒剂的抵抗力比其繁殖体要强得多。病毒对消毒剂的敏感性介于细菌芽胞和繁殖体之间，但由于有些病毒的结构中无胞浆膜，表现出对一些消毒剂(如季铵盐类)的强抵抗力，造成消毒无效。霉菌孢子的抵抗力较一般细菌强，但比细菌芽胞弱。因此应根据微生物种类选用消毒剂或高效消毒剂。微生物的数量越多，消毒越困难，因此，老菇房杂菌基数多，应加大消毒剂用量或延长消毒时间。
药物作用时间
消毒剂接触病源微生物后，要经过一定时间后才能杀死病原，只有少数能立即产生消毒作用，所以要保证消毒剂有一定的作用时间，消毒剂与微生物接触时间越长消毒效果越好，接触时间太短往往达不到消毒效果。被消毒物上微生物数量越多完全灭菌所需时间越长。
消毒药品的配伍
消毒药物的配制和使用的方法要合理目前，许多消毒药是不宜用井水稀释配制的，因为井水大多为含钙、镁离子较多的硬水，会与消毒药中释放出来的阳离子、阴离子或酸、碱离子发生化学反应，从而使药效降低。因此，在稀释消毒药时一般应使用自来水或白开水。药物应现用现配，配好的消毒药应一次用完许多消毒药具有氧化性或还原性，还有的药物见光遇热后分解加快，须在一定时间内用完，否则，很容易失效而造成人力物力的浪费。因此，在进行配制消毒药时，应认真根据药物说明书和要消毒的面积来测算用量，尽可能将配制的药液在完成消毒面积后用完。稀释好的药液不宜久储，一般当天用完为好。必须注意消毒药的理化性质。注意消毒药的酸碱性酚类、酸类两大类消毒药一般不宜与碱性环境、脂类和皂类物质接触，否则明显降低其消毒效果。反过来，碱类、碱性氧化物类消毒药不宜与酸类、酚类物质接触，防止其降低杀菌效果。酚类消毒药一般不宜与碘、溴、高锰酸钾、过氧化物等配伍，防止化学反应发生而影响消毒效果。注意消毒药的氧化性和还原性氧化物类、碱类、酸类消毒药不宜与重金属、盐类及卤素类消毒药接触，防止发生氧化还原反应和置换反应。表面活性剂类消毒药中，阳离子和阴离子表面活性剂的作用互相抵消，因此不可同时使用；表面活性剂忌与碘、碘化钾和过氧化物等配伍使用，不可与肥皂配伍。
需要注意的是过氧乙酸与酒精，消霉乐与酒精配使能明显增加消毒效果，起到事半功倍的作用。季铵盐类消毒剂用70%乙醇配制，比用水配制穿透力更强，杀菌效果更好；戊二醛和环氧乙烷联合应用具有协同效应，可提高消毒效力；另外用甲醇、丙二醇等具有杀菌作用的溶剂配制消毒液时，常可增强消毒效果。
交替使用消毒药物
任何消毒药，在一个地区、一个菇棚都不宜长期使用。因为病源微生物机体对几乎所有的药物（当然包括消毒药）都会产生抗药性。长期使用单一的消毒药，容易使病源微生物及菇棚内外环境中的杂菌，由于多次频繁地接触这种消毒药而形成耐药菌株，其对药物的敏感性下降甚至消失，使药物对这些杂菌的杀灭能力下降甚至完全无效，致使食用菌病害发生和流行。
消毒制度和责任心
食用菌生产中各个环节的消毒工作必须制定严格的制度，如定期消毒制度、各种消毒对象常规消毒制度等，以保证和维持消毒效果。在进行消毒工作时，应有高度的责任心，严格执行消毒操作规程和要求，认真、细心、全面地完成消毒任务，杜绝出现由于操作不当或马虎从事而影响消毒效果的现象。笔者一直认为：食用菌病害重在与防治，一旦病害爆发，治疗时劳民伤财，效果还不太理想，必要的消毒是必须的，消毒药这个钱不白花。
