鬼伞类杂菌  防治措施：①尽量选用新鲜培养料，使用前曝晒2天，或用石灰水浸泡原料。②控制培养料的含氮量，发酵料或发酵栽培时，麦麸或米糠添加量不要超过5%，禽畜粪以3%为宜。无论用何种材料栽培，最好二次发酵，这样可大大减少鬼伞的污染。③发酵时培养料的含水量控制在70%以内，以保证高温发酵获得高质量的堆料。同时，培养料拌料时，调节培养料的pH值至10左右。
　　木霉  防治措施：木霉在4℃～42℃范围内都能生长，孢子萌发喜高湿环境，侵害草菇培养基时，初期白色棉絮状，后期变为绿色，菌种如果被木霉危害，必须报废，即使轻度感病的菌种也应弃之不惜。木霉至今没有理想的根治性药物，常用的杀菌药，对木霉只是抑制，而不能杀死，加大药量，只能同时杀死木霉和草菇菌丝。因此，创造适合草菇菌丝生长而不利于木霉繁殖的生态环境，是控制危害的根本措施。一旦发生木霉为害，要立即通风降温，以抑制木霉的扩展，处于发菌阶段的培养料感病以后，可采用注射药液的方法抑制木霉扩张，常用的药液有5%的石碳酸、2%的甲醛、1：200倍的50%多菌灵、75%的甲基托布津、pH值为10的石灰水，此外，往污染处撒白灰面，防治效果也很好。
　　菇螨  防治方法：以预防为主，菇房尽可能远离仓库、饲料间、禽畜舍等，栽培原料在进行二次发酵，危害严重时，菇房在重新铺料前要用敌敌畏、杀螨醇等杀螨剂500倍液喷雾或熏蒸24小时，一旦发现体小呈扁平或椭圆形、白色或黄色、长有多根刚毛的菇螨时，要立即选用以下方法将其杀死：熏蒸杀螨：用棉球蘸敌敌畏，放在床架底料面上，然后用塑料布覆盖床面，使用药物挥发熏蒸毒死螨虫。喷药杀螨：用菊乐合酯1500倍液或克螨特500倍液喷雾杀螨。
　　菇蝇  防治方法：在菇场四周设排水沟，排除积水，并定期用0．5%敌敌畏喷杀；培养料进行二次发酵，杀死料内幼虫和卵；用黑光灯诱杀。
　　菌蚊  防治方法：保持菇房干净，栽培场所应远离垃圾堆及腐烂物质，收获后的旧料应及早清除，严重时，出菇前或采菇后喷晶体敌百虫1000倍液进行防治。